Las peculiaridades hidrológicas de Cuba se asocian a su configuración, a la gran extensión de rocas calizas y al régimen de precipitaciones. De esta forma, se establece en el territorio un parteaguas central con dos vertientes: norte y sur, donde escurren ríos de cortos cursos y de escaso caudal, 85 % de ellos con longitudes inferiores a los 40 km, que conforman más de 600 cuencas superficiales de áreas inferiores a los 200 kilómetros cuadrados.
Sancti Spíritus es la provincia con mayor capacidad de embalse de Cuba.

Presa Zaza

Ubicada en el municipio de Sancti Spíritus y parte de La Sierpe. Puesta en explotación desde 1975, es el mayor espejo de agua dulce de Cuba, con más de 100 kilómetros cuadrados y una capacidad de embalse de 1 020 millones de metros cúbicos.
Ubicada en la cuenca del río Zaza, segunda en importancia de la nación, abarca 2 413 kilómetros cuadrados de las provincias de Villa Clara y Sancti Spíritus, algo más del dos por ciento del territorio nacional y en ella residen 264 mil personas.

Lebrije

Ubicada en el límite de los municipios de Taguasco y Jatibonico, a 8,5 km al Oeste del pueblo de Arroyo Blanco, en los 22°01′ latitud Norte y los 79°10′ longitud Oeste del municipio de Jatibonico.
Embalse que encierra las aguas del río Jatibonico del Sur entre montañas poco elevadas, tiene capacidad para almacenar normalmente unos 128 millones de metros cúbicos y un área de 11,9 kilómetros cuadrados, se usa fundamentalmente en el abasto de la industria, la población, y la pesca.
La construcción del embalse comenzó en 1968 y su fundación fue el 17 de mayo de 1970.

Tuinucú

Tiene una capacidad de 57.00 millones de metros cúbicos y el uso fundamental es el abastecimiento de agua a la población del municipio de Sancti Spíritus y localidades aledañas.

Felicidad

Comenzó a explotarse a inicios de la década del 1990 y cuenta con una capacidad de 57 millones de metros cúbicos, es una especie de embudo o canal por donde inyectan todas las corrientes del río Jatibonico del Sur en su camino definitivo. Se usa fundamentalmente para el riego y la pesca.

Dignorah

Contruido en 1992, con una área de cuenca de 2 kilómetros cuadrados y una capacidad de 31.89 millones de metros cúbicos. Se abastece de los ríos Jatibonico del Sur y el Zurrapandilla. Fundamentalmente se usa en el abasto de agua a la población y la pesca.

Higuanojo

Ubicada en la zona centro-sur del territorio de la provincia de Sancti Spíritus, con 278 hectáreas de espejo de agua y una capacidad de embalse de 24 millones de metros cúbicos.
Es este el único embalse de Cuba donde se cría y conserva el paiche, el segundo pez de agua dulce más grande del mundo, que se introdujo en el país en el año 1980. Los primeros ejemplares fueron depositados en el embalse espirituano, donde tenían las condiciones idóneas, de seguridad y sin comunicación con otra corriente para lograr su desarrollo y reproducción.

Siguaney

Capacidad de 9.33 millones de metros cúbicos.

Banao II

Capacidad de embalse 3.2 millones de metros cúbicos.

Aridanes

Incluida en una zona dentro de la llamada Reserva de Buenavista que la UNESCO reconoció hace años como Patrimonio Mundial de la Biosfera, al noreste de Mayajigua, en el municipio de Yaguajay, el embalse se alimenta del drenaje de la llanura que le da nombre, de un par de arroyos desconocidos que desembocan en su interior y del rebombeo desde el río Jatibonico del Norte que, a pesar de ser el más importante de toda la faja septentrional comprendida entre Sagua la Grande y Camagüey, corre libre hasta chocar con el océano.
La cortina de la presa Aridanes es quizás tan extensa como la de la Zaza, pero paradójicamente su barriga fue diseñada para retener apenas 4,6 millones de metros cúbicos de agua, cantidad que cabría más de 200 veces en el mayor lago artificial del país.
La pequeña presa construida en 1966, el río que pasa por su traspatio y los llanos circundantes se integran con significativa interdependencia a un ecosistema, que resulta promisorio para el hombre por la diversidad de especies que conviven en él y, sobre todo, por la bendición de sus suelos para el fomento agrícola.

Existen en el territorio gran cantidad de ríos y arroyos de poca extensión y caudal que se distribuyen en ambas vertientes, especialmente en la sur.
Entre los que desembocan en la vertiente sur se destacan el Río Zaza, Río Agabama, Río Jatibonico del Sur y el Río Higuanojo; en la vertiente norte el Río Jatibonico del Norte.

CUENCA DEL RÍO ZAZA

Ubicada en la zona central del país, la cuenca abarca ocho municipios: Placetas y Remedios, en Villa Clara y Cabaiguán, Fomento, Taguasco, La Sierpe, Sancti Spíritus y Yaguajay, en Sancti Spíritus. Comprende el 2.20 % del territorio nacional con un área de 2 413 kilómetros cuadrados, el 13% en el territorio de la provincia de Villa Clara y el 87% en Sancti Spíritus.
En esta última la superficie de la cuenca equivale al 37 por ciento del territorio provincial. En la cuenca existen 170 asentamientos, entre urbanos y rurales con una población de 264 148 habitantes (2,4% del total del país).
Dentro de los embalses existentes en la cuenca se encuentran Las Mercedes, en la provincia de Villa Clara, y Sigüaney, Tuinicú y la Zaza en tierras espirituanas, además de 26 micropresas del Ministerio de la Agricultura.

Río Zaza: Es el segundo de mayor extensión de Cuba, y vierte al sur, tiene un área de cuenca de 2 413 kilómetros cuadrados, 32, 4 m3/s de gasto y una longitud de 155 kilómetros. Nace en una zona llana y semiondulada, en las alturas de Santa Clara, en el reparto Guaracabulla, al oeste de la ciudad de Placetas, en los 22°19’ de latitud norte y los 79°40’ de longitud oeste, a 190 metros de altitud.

En su inicio corre en dirección sureste, inclinándose posteriormente al sur, atraviesa diferentes municipios como Placetas, Cabaiguán, Taguasco y Sancti Spíritus, para desembocar en la presa Zaza que es el mayor lago artificial de agua dulce de Cuba; el cauce conduce al Mar Caribe, al este de punta Ladrillo, en las cercanías del poblado de Tunas de Zaza en las coordenadas N: 200.00 y E: 652.20 donde sus arrastres han originado un gran delta.
Tiene 9 afluentes, los principales en la margen derecha son Calazar, Tuinicú, Yayabo, Cayajaná y Yagua; en la margen izquierda son el Hacha, Caunao, Taguasco y Palma.
En su curso forma meandros bien desarrollados y saltos como en la zona del Saltadero en el municipio de Cabaiguán, también forma cañones cársicos al atravesar la Sierra de Las Damas.

RIO TUINUCÚ

Afluente del Río Zaza. Su cauce es vigoroso, de aguas muy cristalinas, con afloramientos rocosos que le dan tonalidades muy peculiares similar a las de los ríos montañosos con pequeñas cascadas. No existen obstáculos y micropresas en su cauce. Nace en el municipio de Fomento a una altura de 400 metros sobre el nivel del mar.

RÍO YAYABO

Afluente del río Zaza que atraviesa la Ciudad de Sancti Spíritus y le da el sobrenombre de la Ciudad del Yayabo. Su nacimiento se localiza a una altura de 520 metros sobre el nivel del mar en el municipio de Fomento, en las estribaciones del Escambray, en una zona cercana a Caballete de Casa. Vierte sus aguas en la Presa Zaza.

Origen del nombre Yayabo: Derivado de yaya que es el nombre de un árbol silvestre que abunda en toda la isla. La estructura de este fitónimo trasluce procedencia arauca insular. Además en la tiponimia de origen indocubano se registran algunas denominaciones que parecen contener esa palabra: Yayabacoa, Yayabo. La desinencia “abo” parece indicar “abundancia de” o sea Yayabo pudiera significar “abundancia de yaya”.

RÍO CAYAJANÁ

Río del municipio de Sancti Spíritus, afluente del río Zaza, su nacimiento se encuentra a una altura de 662 metros sobre el nivel del mar. La calidad del agua es buena y se le unen otros afluentes que intensifican su caudal.

RÍO TAYABACOA

Nace en el municipio de Sancti Spíritus, en los terrenos del Área Ecológica Alturas de Banao, de la Empresa de “Flora y Fauna” a una altura de 725 metros sobre el nivel del mar. El volúmen del agua es muy escaso en el período de seca y no tiene contaminación.

RÍO HIGUANOJO

Río del municipio de Sancti Spíritus. Su relieve es de lomerío abrupto y empinado. Nace a una altura de 639 metros sobre el nivel del mar. El agua es de buena calidad. Su cauce está invadido por los fenómenos terrígenos que ocasionan la erosión.

RÍO BANAO

Río del área montañosa del municipio de Sancti Spíritus con nacimiento en el área protegida Reserva Ecológica Lomas de Banao, atraviesa el poblado de igual nombre. Nace a una altura de 673 metros sobre el nivel del mar y su itinerario está marcado a través de las elevaciones cubiertas de bosques de la Reserva, lo que hace que sus aguas siempre sean frías y cristalinas, con múltiples cascadas y saltos de agua como La Bella, una concurrida área de baño para el visitante. Lo distingue la biodiversidad de su entorno muy conservada.

JATIBONICO DEL SUR

La Cuenca Hidrográfica del Río Jatibonico del Sur es uno de los mayores espejos de agua de Cuba por su extensión territorial de 872.0 hectáreas en 30.0 kilómetros cuadrados y con capacidad de almacenaje de sus principales fuentes de abasto de 217.49 millones de metros cúbicos.
Río Jatibonico del Sur pertenece a la vertiente sur. Tiene una longitud de 120 km. y un flujo medio de 4.07 m3/seg. Nace en las llamadas Regaderas de Palmaritos, en la Sierra de Jatibonico, al igual que el Jatibonico del Norte. Toma dirección sur desde sus comienzos y sirve de límite entre las provincias de Sancti Spíritus y Ciego de Ávila. Desemboca en la costa después de un curso de unos 115 kilómetros.
Fuentes de abasto: Aporta volumen a tres presas (Lebrije, Felicidad y Dignorah), una derivadora (El Patio), y tres micro presas (Cristales 7 o Jobo, Cristales 8 y La Reforma).

RÍO ZURRAPANDILLA

Nace en las alturas de San Felipe y los Perejiles, pertenece a la Cuenca del Jatibonico del Sur. Las coordenadas geográficas son: Latitud: 21.9803 y Longitud: -79.1594.
Tiene una extensión de 42.5 kilómetros de longitud aproximadamente. Aparenta ser un arroyo manso en épocas normales, pero tan pronto llueve río arriba sus crecidas amenazan con atragantar la presa Dignorah, un embalse de 31,8 millones de metros cúbicos de capacidad que se interpone en su curso.
y desemboca en el río Jatibonico del Sur en la zona de Iguará, al Sur de la presa Lebrije.

RÍO JATIBONICO DEL NORTE

Río de la vertiente norte que nace en las faldas de la Sierra de Jatibonico, en las llamados Regaderas de Palmaritos. Toma dirección este hasta llegar a su núcleo central para reaparecer después de cuatro kilómetros de curso subterráneo, formando a su salida varias cascadas, siguiendo ya casi en línea recta hacia la costa norte, en los límites de las provincias de Sancti Spíritus (Jatibonico y Yaguajay) y Ciego de Ávila (Chambas), para desaguar en el mar. Su curso es de unos 95 kilómetros.

RÍO CAONAO

Afluente del Zaza y atraviesa la porción sur del municipio de Yaguajay de este a oeste.

RÍO MÁXIMO

Nace en las lomas de Meneses y en su camino hacia la costa, atraviesa el pueblo de Yaguajay y el Batey de Vitoria.
 
Existen otros ríos en el municipio de Yaguajay como el Malafo, Cristóbal, Urbaza, Cambao, todos en la llanura costera con excepción del río Bamburanao que se sumerge en las sierras del mismo nombre para luego resurgir en la costa distribuido en varias cañadas.
Más de 70 cañadas y pequeños arroyos surcan con sus aguas el paisaje del municipio.
La cuenca subterránea que predomina en la llanura costera, sobre todo en la costa, emerge en “ojos de agua” que nunca se secan. Ese es el caso de los manantiales de aguas termales del Balneario San José del Lago en Mayajigua, las cuáles presentan alto contenido de minerales y producen demostrados efectos curativos.

CUENCA O ZONA DE TRINIDAD

Con un área de 220,7 kilómetros cuadrados, está compuesta por el conjunto de pequeños ríos que desembocan en el tramo costero al oeste de la ciudad: Cabagán, Guanayara, Cañas y Guaurabo, este último con sus afluentes Táyaba, Caballero y la Pica Pica. Son todos ríos cortos, que se alimentan de las lluvias que caen en las montañas de los alrededores de Topes de Collantes, crecen y disminuyen su caudal con rapidez.

RÍO GUANAYARA

Nace a una altura de 740 metros sobre el nivel del mar, enclavado en el municipio de Trinidad. Latitud: 21.8014 y Longitud: -80.0325. El agua es buena y no existen obstáculos ni áreas afectadas en su vegetación. Las vías de comunicación son por trillos de mulos de difícil acceso.

RÍO CAÑAS

Pequeño río del municipio de Trinidad, su nacimiento se localiza a una altura de 255 metros sobre el nivel del mar. Su vegetación y el paisaje se puede catalogar de muy atractivos. Su desembocadura al mar en área de una pequeña playa aledaña a Playa Ancón al sur de la provincia de Sancti Spíritus, resulta de gran concurrencia para turistas y visitantes.

RÍO GUAURABO

Pequeño río del municipio de Trinidad. Su nacimiento se localiza a 4 metros sobre el nivel del mar, en un punto se unen los ríos Tayaba y Caballero, formando la cuenca del Guaurabo. Sus afluentes son Táyaba, Caballero y la Pica Pica.

RÍO AGABAMA

Esta corriente fluvial, pertenece a la vertiente sur, desarrolla gran parte del curso o longitud por rocas caliza, para formar el largo Valle del Agabama. Nace en el lugar conocido como la Sierra Alta de Agabama a 478.3 metros sobre el nivel del mar. Divide las montañas de Guamuhaya en la Sierra de Trinidad, al occidente, y la de Sancti Spíritus, al oriente.

El área de la cuenca es de 1 713 kilómetros cuadrados y la longitud del cauce principal es de 118 kilómetros, riega los municipios de Santa Clara, Placetas, Fomento (atravesando la localidad de Agabama, de ahí el nombre de este poblado) y Trinidad.
Una vez que el río cruza la carretera que une a la ciudad de Trinidad con Sancti Spíritus se une con el río Ay y adopta el nombre de Manatí, punta litoral homónima hacia la cual desemboca para verter sus aguas en el Mar Caribe, después de haber construido un gran delta en forma de pata de gallina.
A lo largo de su curso recibe numerosas afluentes, entre otros el Ay, Caracusey, Guaracabulla, Juaya, Mabujina, Sipiabo, y el Seibabo.
El Salto del río Agabama, uno de los más bellos y representativos sitios naturales del territorio. Es una cascada o salto de agua de unos 12 metros de desnivel que lo convierten en uno de los mayores de la provincia.

RÍO AY

Río del municipio de Trinidad, se localiza a la altura de 87 metros sobre el nivel del mar. El entorno natural del nacimiento se caracteriza por unirse en las cuencas de los ríos Jibacoa y Caburní, lugar de vegetación agradable con saltos de agua, rodeados de altas pendientes del lomerío conocido por Las Trampas, muy cercano al poblado de Polo Viejo. Se incorpora al Río Agabama.

RÍO CARACUSEY

Río del municipio de Trinidad, su nacimiento se localiza a una altura de 710 metros sobre el nivel del mar, a los que se le unen pequeños arroyos con corrientes de agua muy potentes. Su cauce está bien protegido y su acceso es sumamente difícil y peligroso, aflorando gigantescas rocas que en algunos casos son cuchillas. El volumen del agua es fuerte. Su principal afluente es Río Unimazo.

RÍO SIPIABO

Río del municipio de Fomento, su nacimiento se localiza a una altura de 571 metros sobre el nivel del mar, el paisaje es abrupto con un bosque autóctono y afloramientos de piedras. Sus aguas tributan al cauce principal Agabama Manatí, que al igual que otros arroyos y cañadas que se originan en las montañas, conforman una tupida red hidrográfica en la cuenca, muy activa sobre todo en el período lluvioso.
 
Durante el período de seca, la mayor parte de estos arroyos deja de correr, dejando al descubierto sus lechos de piedras pulidas a lo largo de los estrechos pasos intramontanos, entre ellos pueden citarse el Yaguaramas, el Bijabito, el Velázquez y el Polo Viejo, aunque quizás el más conocido sea el arroyo Magua, afluente del río Ay, porque en él se encuentra la Poza de Ma Dolores, que nunca se seca, ni aún en los períodos de más escasa lluvias.